Aparte de la Aldea de la Hoja (Konoha), que se encuentra en el país del fuego, hay otras aldeas ninja y también otros países. Los países más destacados son: el país del fuego, el país del agua, el país del viento, el país de la tierra y el país del rayo, que tienen un poder superior al de los demás países. Por este motivo se les conoce como los cinco grandes poblados ninja.

Las villas ninja equivalen al ejercito del país donde se encuentran, aunque no actúan bajo el poder de los gobiernos de sus respectivos países, sino que tienen total independencia, pudiendo así mantener relaciones con varios países diferentes.

Existen, en teoría, otro países, como por ejemplo el país del Té, que fueron inventados únicamente con el propósito de hacer relleno en el anime, por lo tanto no son países oficiales del manga, sino producto del relleno de la serie.